南京鸡鸭加工厂有限公司创立于1953年9月，前身为江苏省食品公司南京市公司鸡鸭加工厂、南京市食品公司鸡鸭加工厂、南京禽蛋公司鸡鸭加工厂、南京鸡鸭加工厂。

公司当时是苏联人援建中国的150个项目之一，也是江苏最大的援建项目。原址在南京市下关区三汊河大街107号，2004年6月因市政滨江建设、拆迁，厂址迁至市建邺区长虹路275号，2006年8月，因新厂区基地建成，厂址迁至南京雨花经济技术开发区三鸿路9号。

建厂初期，该公司隶属于国家商业部，主要产品以冻光禽为主，以出口东南亚及前苏联为主，后因部属企业划归地方管理要求，调整隶属于南京市食品公司（现为江苏三鸿食品有限公司）。当时的经营方式为：主营家禽的加工与销售，承担市场供应与储备，即在旺季时期收购家禽，起“蓄水池”作用，平时承担市场供应。

随着我国进入市场经济时期，该公司因国家取消政府补贴，生产经营一度进入亏损状态。厂领导班子立即调整经营思路，积极寻找突破口。他们调整产品结构，改变经营方式，由加工型向加工、生产、销售一体化转变，积极研发适销对路的家禽产品，选用大型农场已获“绿色食品”称号的樱桃谷瘦肉型鸭为原料，首家独创开发出具有保留传统的鲜、香、酥、嫩，独具低盐嫩化特点的“白鹭”牌和“JiYa”牌低盐嫩化盐水鸭，并发展成为企业的拳头产品，体现了国际食品的发展方向，20世纪80年代公司又将“魏洪兴”、“韩复兴”字号启用，生产板鸭禽类产品，走多种经营发展之路，使企业逐步走出困境，实现扭亏为盈。

 2003年南京鸡鸭加工厂与南京商茂实业总公司合并整体改制，由国企改制为民营企业，2013年名称变更为南京鸡鸭加工厂有限公司。